Durante las 6 primeras jornadas del proceso clasificatorio para la Copa Mundial de Fútbol de 2010, sumó apenas tres puntos, aunado a los actos de indisciplina de algunos de los futbolistas peruanos mientras se encontraban en la concentración del seleccionado en el Hotel Golf Los Incas, equipacion del madrid luego del empate 1-1 con Brasil en Lima. En las temporadas siguientes el Getafe comienza a tener una trayectoria mediocre en lo deportivo. Todos ellos siendo capitanes del equipo en la temporada anterior a su marcha. Jugadores emblemáticos que dejan el club en esta época son Manu del Moral en la temporada 2011/12 con destino el Sevilla; Daniel Cata Díaz en la temporada 2012/13 fichado por el Atlético de Madrid y el capitán Javier Casquero, camiseta recreativo de huelva también en la temporada 2012/13 por rescisión de contrato.